Il y a une église sur ce site depuis plus de 1300 ans, depuis qu'Etheldreda, la reine de Northumbrie, a fait une concession de terres vers 674. L'abbaye bénédictine a été construite presque entièrement avec des pierres provenant des ruines romaines voisines. La crypte saxonne est toujours là, ainsi qu'un tabouret, une "cathèdre" ou trône des VIIe et VIIIe siècles.
En 875, Halfdene le Danois a ravagé tout le Tyneside et l'église de Hexham a été pillée et brûlée.
Vers 1050, un Eilaf fut chargé de Hexham, bien qu'en tant que trésorier de Durham, il n'y soit probablement jamais venu. Eilaf fut chargé de reconstruire l'église d'Hexham, qui était alors en ruine. Son fils Eilaf II acheva les travaux, probablement dans le style normand.
À l'époque normande, l'ancienne abbaye a été remplacée par un prieuré augustinien. L'église actuelle date de cette période (vers 1170-1250), dans le style architectural du début de l'Angleterre (gothique). Le chœur, les transepts nord et sud et le cloître datent de cette période.
L'extrémité est a été reconstruite en 1860, et le reste de l'abbaye a été largement reconstruit vers 1900. Ce projet gigantesque a impliqué la reconstruction de la nef, dont les murs comprennent une partie de l'église antérieure. La nef a été reconsacrée en 1908. En 1996, une chapelle supplémentaire a été créée à l'extrémité est de la nef du chœur nord. Baptisée Chapelle St Wilfrid, elle offre un lieu de prière ou de réflexion tranquille.