Manor Farm est dirigé par M. Jones, un fermier cruel et ivre. Un jour, les animaux se rassemblent lors d'une réunion pour écouter le vieux Major, un vieux cochon sage. Le vieux Major fait un discours, appelant les animaux à se dresser contre leurs fermiers. Les animaux sont très enthousiastes à l'idée. Le vieux Major meurt quelques jours plus tard. Les cochons, qui sont les animaux les plus intelligents, commencent à planifier une rébellion. Ils sont menés par Boule de neige et Napoléon.
Environ trois mois plus tard, les animaux se révoltent contre M. Jones et prennent le contrôle de la ferme. Ils changent le nom de la ferme en "Ferme des animaux". Ils décident que la ferme sera désormais dirigée uniquement par des animaux, appelant le système "animalisme". Ils rédigent sept commandements, dont le plus important est "Tous les animaux sont égaux". "Quatre pattes bien, deux pattes mal" devient un chant populaire pour les moutons. M. Jones et ses amis attaquent la ferme pour tenter de la reprendre, mais dans la "Bataille de l'étable", les animaux les chassent. M. Jones s'enfuit et ne revient jamais.
Boule de neige et Napoléon s'affrontent, car ils ont des idées différentes sur la façon dont la Ferme des animaux doit être dirigée. Boule de neige annonce son projet de construire un moulin à vent, mais Napoléon n'est pas d'accord. Napoléon entraîne neuf chiots, qui deviennent des chiens méchants qui le serviront. Lorsque les chiens sont adultes, il les utilise pour chasser Boule de neige de la ferme. Il prend le contrôle et dirige la ferme tout seul (comme un dictateur). Napoléon utilise les chiens pour tuer tout animal qui n'est pas d'accord avec lui, tandis qu'un cochon appelé Squealer continue de dire aux animaux que tout va bien et qu'ils doivent soutenir Napoléon.
Napoléon change d'avis et décide de construire un moulin à vent, en prétendant que c'était son idée depuis le début. Le premier moulin à vent qu'ils construisent s'effondre. Napoléon attribue la responsabilité de cet échec (et d'autres problèmes) à Boule de neige. Il prétend que Boule de neige se faufile dans la Ferme des animaux, ruinant tout. De nombreux animaux sont tués pour "avoir été en contact avec Boule de neige". Napoléon commence à travailler avec des êtres humains à l'extérieur, alors que cela était interdit auparavant. L'un d'eux est leur voisin, un fermier du nom de M. Frederick. Il fait venir un groupe d'hommes qui envahissent la ferme et détruisent le deuxième moulin à vent. Les animaux les combattent dans la "Bataille du moulin à vent", à grands frais.
Alors que les animaux construisent un troisième moulin à vent, Boxer, leur cheval le plus fort, perd ses forces à cause de la vieillesse et s'effondre. Napoléon l'envoie se faire abattre, alors que Boxer était son ami. Les porcs continuent à travailler avec les humains et commencent à se comporter comme eux, par exemple en vivant dans la ferme et en marchant sur deux pattes. Ils apprennent aux moutons un nouveau chant : "Quatre pattes, c'est bien, deux pattes, c'est mieux". Les commandements sont remplacés par les mots "Tous les animaux sont égaux, mais certains animaux sont plus égaux que d'autres". À la fin, d'autres animaux regardent les cochons parler avec un groupe d'humains et décident qu'ils ne peuvent pas dire lequel est lequel.