Un haplotype est un terme utilisé en génétique. Il est l'abréviation de génotype haploïde. Un haplotype est un ensemble d'allèles spécifiques (séquences d'ADN particulières) dans un groupe de gènes étroitement liés sur un chromosome. Un groupe est généralement hérité ensemble. En termes simples, un haplotype est un groupe de gènes étroitement liés qu'un enfant hérite d'un parent.
Une deuxième signification du terme haplotype est un ensemble de polymorphismes mononucléotidiques (SNP) généralement trouvés ensemble sur une seule chromatide (d'une paire de chromosomes). Ainsi, la découverte de quelques allèles d'une séquence haplotype permet d'identifier tous les autres sites de sa région. Ces informations sont très précieuses pour l'étude de la génétique des maladies courantes.
La comparaison des haplotypes de deux personnes ou plus montre le degré de parenté génétique entre leurs lignées respectives. Elle est réalisée dans le cadre de projets de généalogie génétique.