La pratique du hanami est vieille de plusieurs siècles. Elle a débuté pendant la période Nara (710-784), lorsque la dynastie chinoise des Tang a influencé le Japon de nombreuses façons, dont la coutume de profiter des fleurs. Bien qu'au début, les gens admiraient les fleurs, c'est à partir de la période Heian (794-1185) que le sakura a commencé à attirer davantage l'attention. Les sakura étaient considérés comme sacrés par les Japonais, et ils étaient si importants qu'ils sont toujours un symbole culturel du Japon. Les gens croyaient en l'existence des dieux à l'intérieur des arbres, et la fête hanami était utilisée au début pour diviniser la récolte de l'année et pour annoncer la saison de la plantation du riz. Ceux qui se rendaient au hanami faisaient des offrandes à la racine des arbres sakura, et après la cérémonie, ils participaient à l'offrande en buvant du sakura.
L'empereur Saga de la période Heian a adopté cette coutume et a célébré des fêtes pour voir les fleurs avec du saké et des festins sous les branches fleuries des arbres sakura dans la cour impériale de Kyoto. On dit que c'est l'origine du hanami au Japon. Des poèmes étaient écrits pour louer les fleurs délicates, qui étaient considérées comme une métaphore de la vie elle-même ; belles, mais de très courte durée. Cette vision "temporaire" de la vie est très populaire dans la culture japonaise et est généralement considérée comme une forme d'existence admirable ; par exemple, dans le principe du samouraï qui veut que la vie se termine lorsqu'elle est encore belle et forte, au lieu de vieillir lentement et de s'affaiblir. Les poètes de l'ère Heian avaient l'habitude d'écrire des poèmes sur le fait que les choses seraient beaucoup plus faciles au printemps sans les fleurs de sakura, parce que leur existence nous rappelait que la vie est très courte :
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| S'il n'y avait pas de fleurs de cerisier dans ce monde, combien
nos cœurs seraient plus tranquilles au printemps. | 
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| Ariwara no Narihira (825-880) |
Hanami a été utilisé comme un terme qui signifiait "voir les fleurs de cerisier" pour la première fois dans le roman de l'ère Heian "Conte de Genji" (chapitre 8, 花宴 Hana no En, "Sous les fleurs de cerisier"). Dès lors, dans la tanka et dans la poésie haïku, "fleurs" signifie "sakura", et les termes "hanami" et "fête des fleurs" ne sont utilisés que pour désigner l'observation des fleurs de sakura. Au début, la coutume n'était suivie que par la cour impériale, mais la noblesse des samouraïs a également commencé à la célébrer pendant la période Azuchi-Momoyama (1568-1600). Dans ces années-là, Toyotomi Hideyoshi donna de grandes fêtes de hanami à Yoshino et Daigo, et la fête devint très populaire dans toute la société japonaise. Peu de temps après, les fermiers ont commencé à prendre l'habitude d'escalader les montagnes voisines au printemps et de déjeuner sous les cerisiers en fleurs. Cette pratique, appelée alors "excursion printanière en montagne", s'est combinée à celle des nobles pour former la culture urbaine du hanami. À l'époque Edo (1600-1867), tous les gens du commun participaient aux célébrations, en partie parce que Tokugawa Yoshimune avait planté des zones de cerisiers en fleurs pour encourager cette pratique. Sous les sakura, les gens déjeunaient et buvaient du saké lors de joyeuses fêtes.
