Le 30 juin, les Sept Immortels demandent secrètement à William, qui se trouve aux Pays-Bas avec Marie, de venir en Angleterre avec une armée. William, qui était jaloux de la position et du pouvoir de Marie, ne voulait pas y aller au début. Mais Mary dit à William qu'elle ne se souciait pas du pouvoir politique. Elle lui dit "qu'elle ne serait plus que sa femme, et qu'elle ferait tout ce qui est en son pouvoir pour le faire roi à vie".
William accepte d'attaquer. Il déclara que le fils nouveau-né de Jacques était le "prétendu prince de Galles". Il a également donné une liste de ce que le peuple anglais voulait, et a déclaré qu'il voulait seulement avoir "un Parlement libre et légal réuni". L'armée néerlandaise, qui avait été repoussée par une tempête en octobre, a débarqué le 5 novembre. L'armée et la marine anglaises sont passées à William. À cette époque, la confiance du peuple anglais en Jacques était très faible. Ils n'ont même pas essayé de sauver leur roi. Le 11 décembre, le roi essaya de s'enfuir, mais échoua. Il essaya de s'enfuir à nouveau le 23 décembre. Cette deuxième tentative fut couronnée de succès et Jacques s'enfuit en France. Il y vécut en exil jusqu'à sa mort.
Bien que Mary soit triste à cause de la déposition de son père, William lui ordonne d'avoir l'air heureux à leur arrivée à Londres. À cause de cela, les gens pensaient qu'elle était froide avec son père. James pensait aussi que sa fille lui était infidèle. Cela a profondément blessé Mary.
En 1689, un Parlement de la Convention convoqué par le prince d'Orange s'est réuni pour discuter de ce qu'ils devaient faire. Guillaume d'Orange se sentait mal à l'aise par rapport à sa position. Il voulait gouverner en tant que roi, et non pas simplement en tant qu'époux d'une reine. Le seul exemple de monarchie commune date du XVIe siècle. Il s'agissait de la reine Marie Ière et du prince espagnol Philippe. Lorsqu'ils se sont mariés, il a été convenu que le prince Philippe prendrait le titre de roi. Mais Philippe II n'a été roi que du vivant de sa femme. Il n'avait pas non plus beaucoup de pouvoir. Guillaume voulait rester roi même après la mort de sa femme. Certaines personnes importantes suggérèrent de faire de Marie la seule souveraine. Mais Marie, qui était fidèle à son mari, refusa.