La liaison génétique se produit lorsque les allèles de différents loci ne se séparent pas au hasard. La deuxième loi de Mendel est donc violée.
Les gènes sont liés lorsqu'ils se trouvent sur le même chromosome. Ils ont alors tendance à rester ensemble pendant la méiose. Les allèles des gènes sur les différents chromosomes ne sont généralement pas liés, en raison de l'assortiment indépendant des chromosomes pendant la méiose.
Il y a un certain croisement de l'ADN pendant la méiose, lorsque les chromosomes se séparent. Ainsi, les allèles d'un même chromosome peuvent être séparés et aller dans des cellules filles différentes. La probabilité que cela se produise est plus grande si les allèles sont très éloignés sur le chromosome, car il est plus probable qu'un croisement se produise entre eux. La distance relative entre deux gènes peut être calculée en utilisant la progéniture d'un organisme présentant deux traits génétiques liés. On note le pourcentage de la descendance où les deux traits ne se rejoignent pas. Plus le pourcentage de descendance présentant les deux traits est élevé, plus les deux gènes sont proches sur le chromosome.
C'est la première technique utilisée pour cartographier les gènes sur les chromosomes. En calculant le nombre de recombinants, il est possible d'obtenir une mesure de la distance entre les gènes. Cette distance est appelée unité de carte génétique (U.C.G.), ou centimorganisme, et est définie comme la distance entre les gènes pour laquelle un produit de la méiose sur 100 est recombinant. Une fréquence de recombinaison (RF) de 1 % équivaut à 1 m.u. Une carte de liaison est créée en trouvant les distances cartographiques entre un certain nombre de traits présents sur le même chromosome, en évitant idéalement les écarts importants entre les traits pour éviter la possibilité de croisements multiples.