Un spectromètre de masse est généralement utilisé de deux manières : Le balayage complet ou la surveillance sélective des ions (SIM). Le GC-MS typique peut fonctionner seul dans un sens ou dans l'autre, ou les deux en même temps.
Scan complet MS
Lors de la collecte de données en mode de balayage complet, une gamme cible de fragments de masse est sélectionnée et mise dans la méthode de l'instrument. Un exemple d'une large gamme de fragments de masse à surveiller serait m/z 50 à m/z 400. La détermination de la gamme à utiliser est largement déterminée par ce que l'on s'attend à trouver dans l'échantillon tout en étant conscient du solvant et des autres interférences possibles. Si un EM cherche des fragments de masse avec un très faible m/z, il peut détecter de l'air ou d'autres facteurs d'interférence possibles. L'utilisation d'une large gamme de balayage diminue la sensibilité de l'instrument. L'appareil effectuera moins de balayages par seconde car chaque balayage prendra plus de temps pour détecter une plus grande gamme de fragments de masse.
L'analyse complète est utile pour déterminer les composés inconnus dans un échantillon. Elle fournit plus d'informations que la SIM lorsqu'il s'agit de confirmer ou de résoudre des composés dans un échantillon. La plupart des instruments sont contrôlés par un ordinateur qui fait fonctionner un programme informatique appelé "méthode instrumentale". La méthode instrumentale contrôle la température dans le GC, le taux de balayage MS et la gamme de tailles de fragments détectés. Lorsqu'un chimiste met au point une méthode instrumentale, il envoie des solutions de test à travers le GS-MS en mode de balayage complet. Cela permet de vérifier le temps de rétention du GC et l'empreinte des fragments de masse avant de passer à une méthode d'instrument SIM. Les instruments GC-MS spécialisés, tels que les détecteurs d'explosifs, ont une méthode d'instrument préchargée à l'usine.
Surveillance des ions sélectionnés
Dans la surveillance des ions sélectionnés (SIM), la méthode de l'instrument se concentre sur certains fragments d'ions. Seuls ces fragments de masse sont détectés par le spectromètre de masse. L'avantage du SIM est que la limite de détection est plus basse puisque l'instrument n'examine qu'un petit nombre de fragments (par exemple trois fragments) lors de chaque balayage. D'autres balayages peuvent avoir lieu chaque seconde. Comme seuls quelques fragments de masse intéressants sont surveillés, les interférences de la matrice sont généralement plus faibles. Pour améliorer les chances de lire correctement un résultat positif, les rapports d'ions des différents fragments de masse sont comparables à un étalon de référence connu.
Types d'ionisation
Après que les molécules aient parcouru la longueur de la colonne, traversé la ligne de transfert et pénétré dans le spectromètre de masse, elles sont ionisées par diverses méthodes. En général, une seule méthode d'ionisation est utilisée à un moment donné. Une fois que l'échantillon est fragmenté, il est alors détecté, généralement par une diode multiplicatrice d'électrons. La diode traite le fragment de masse ionisé comme un signal électrique qui est ensuite détecté.
Les chimistes choisissent une technique d'ionisation séparément du choix du Full Scan ou de la surveillance SIM.
Ionisation des électrons
Le type d'ionisation le plus courant est l'ionisation électronique (IE). Les molécules entrent dans la MS (la source est un quadripôle ou le piège à ions lui-même dans une MS) où elles sont frappées par des électrons libres émis par un filament. C'est comme le filament que l'on trouve dans une ampoule à incandescence standard. Les électrons frappent les molécules, ce qui provoque la fragmentation de la molécule d'une manière caractéristique qui peut être répétée. Cette technique d'"ionisation dure" entraîne la création d'un plus grand nombre de fragments ayant un faible rapport masse/charge (m/z). EI ne possède que peu de fragments, voire aucun, dont la masse est proche de celle de la molécule d'origine. Les chimistes considèrent que l'ionisation dure consiste à projeter des électrons dans les molécules de l'échantillon. En revanche, l'"ionisation douce" consiste à placer une charge sur la molécule de l'échantillon en la frappant avec un gaz introduit. Le schéma de fragmentation moléculaire dépend de l'énergie des électrons appliquée au système, généralement 70 eV (électron-volt). L'utilisation de 70 eV permet de comparer les spectres générés par l'échantillon d'essai à des spectres connus de la bibliothèque. (Les spectres de la bibliothèque peuvent provenir de logiciels fournis par les fabricants ou de logiciels développés par le National Institute of Standards (NIST-USA)). Le logiciel recherche les spectres de la bibliothèque à l'aide d'un algorithme de correspondance tel que la correspondance basée sur la probabilité ou la correspondance point produit. De nombreux organismes de normalisation des méthodes contrôlent désormais ces algorithmes et méthodes pour en assurer l'objectivité.
Ionisation chimique
Dans l'ionisation chimique (IC), un gaz réactif, généralement du méthane ou de l'ammoniac, est introduit dans le spectromètre de masse. Il existe deux types d'IC : l'IC positive ou l'IC négative. Dans les deux cas, le gaz réactif interagit avec les électrons et l'analyte et provoque une ionisation "douce" de la molécule concernée. Une ionisation plus douce fragmente la molécule à un degré moindre que l'ionisation dure de l'IE. Les chimistes préfèrent l'IC à l'IE. En effet, l'IC produit au moins un fragment de masse dont le poids est presque identique à la masse moléculaire de l'analyte concerné.
Ionisation chimique positive
Dans l'ionisation chimique positive (ICP), le gaz réactif interagit avec la molécule cible, le plus souvent avec un échange de protons. Cela produit l'espèce d'ion en quantité relativement élevée.
Ionisation chimique négative
Dans l'ionisation chimique négative (NCI), le gaz réactif diminue l'impact des électrons libres sur l'analyte cible. Cette diminution d'énergie laisse généralement le fragment en grande quantité. (Les fragments ne se fragmentent pas davantage).
Interprétation
L'objectif premier de l'analyse des instruments est de mesurer une quantité de substance. Cela se fait en comparant les concentrations relatives entre les masses atomiques dans le spectre de masse généré. Deux types d'analyse sont possibles, comparative et originale. L'analyse comparative consiste essentiellement à comparer le spectre donné à une bibliothèque de spectres pour voir si ses caractéristiques sont présentes pour un échantillon connu dans la bibliothèque. Cette analyse est mieux réalisée par un ordinateur car de nombreuses distorsions visuelles peuvent se produire en raison des variations d'échelle. Les ordinateurs peuvent également corréler davantage de données (comme les temps de rétention identifiés par la GC), afin de relier plus précisément certaines données.
Une autre méthode d'analyse permet de mesurer les pics les uns par rapport aux autres. Dans cette méthode, le pic le plus élevé est fixé à 100%. Les autres pics reçoivent une valeur égale au rapport entre la hauteur du pic et la hauteur du pic le plus haut. Toutes les valeurs supérieures à 3 % sont attribuées. La masse totale du composé inconnu est normalement indiquée par le pic parent. La valeur de ce pic parent peut être utilisée pour s'adapter à une formule chimique contenant les différents éléments que l'on pense être présents dans le composé. Le schéma isotopique dans le spectre est unique pour les éléments qui ont de nombreux isotopes. Il peut donc également être utilisé pour identifier les différents éléments présents. Cela permet de connaître la formule chimique globale de la molécule inconnue. Comme la structure et les liaisons d'une molécule se brisent de manière caractéristique, elles peuvent être identifiées à partir de la différence des pics de masse. La structure de la molécule identifiée doit être cohérente avec les caractéristiques enregistrées par GC-MS. Généralement, cette identification est effectuée automatiquement par les programmes informatiques fournis avec l'instrument. Ces programmes comparent les spectres à une bibliothèque de composés connus qui ont la même liste d'éléments qui pourraient être présents dans l'échantillon.
Une analyse "spectre complet" prend en compte tous les "pics" d'un spectre. Mais la surveillance sélective des ions (SIM) ne surveille que certains pics associés à une substance spécifique. Les chimistes partent du principe qu'à un temps de rétention donné, un ensemble d'ions est caractéristique d'un certain composé. La SIM est une analyse rapide et efficace. Le SIM fonctionne mieux lorsque l'analyste dispose d'informations préalables sur un échantillon ou ne recherche que quelques substances spécifiques. Lorsque la quantité d'informations recueillies sur les ions dans un pic chromatographique en phase gazeuse donné diminue, la sensibilité de l'analyse augmente. Ainsi, l'analyse SIM permet de détecter et de mesurer une plus petite quantité d'un composé. Mais le degré de certitude quant à l'identité de ce composé est réduit.
GC-tandem MS
Lorsqu'une deuxième phase de fragmentation de masse est ajoutée, par exemple en utilisant un deuxième quadripôle dans un instrument quadripolaire, elle est appelée MS tandem (MS/MS). Les MS/MS sont efficaces pour mesurer de faibles niveaux de composés cibles dans un échantillon avec une matrice de composés de fond qui ne présentent pas d'intérêt.
Le premier quadripôle (Q1) est relié à une cellule de collision (q2) et à un autre quadripôle (Q3). Les deux quadrupôles peuvent être utilisés en mode balayage ou statique, selon le type d'analyse MS/MS utilisé. Les types d'analyse comprennent le balayage des ions produits, le balayage des ions précurseurs, la surveillance des réactions sélectionnées (SRM) et le balayage des pertes neutres. Par exemple : Lorsque Q1 est en mode statique (en regardant une seule masse comme dans SIM), et que Q3 est en mode balayage, on obtient un spectre dit d'ions de produit (aussi appelé "spectre fille"). À partir de ce spectre, on peut sélectionner un ion produit important qui peut être l'ion produit de l'ion précurseur choisi. Cette paire est appelée "transition" et constitue la base du MRS. Le SRM est très spécifique et élimine presque complètement le fond de la matrice.