En 1869, Fujita est né dans la province d'Awa (Tokushima).
En 1895, il est diplômé de l'école d'arts libéraux de l'université de Tokyo, avec un diplôme d'études en langue chinoise.
Il a ensuite enseigné l'histoire de la littérature chinoise à l'université de Waseda, à l'université de Toyo et dans d'autres écoles
En 1896, il a cofondé le Dongya Xueyuan (東亞學院, East Asia College) avec Oyanagi Shigeta et d'autres. Fujita a également fondé la revue "Jiangsu Wenxue"《江湖文學》(Jiangsu Literature).
En 1897, il s'est rendu à Shanghai.
En 1898, il participe à la création de la Dongwen Xueshe (東文學社, société de littérature d'Asie de l'Est) avec Luo Zhenyu.
Après 1904, Cen Chunxuan (岑春煊), gouverneur du Guangxi et du Guangdong, a demandé à Fujita d'aider à l'éducation.
En 1905, il a également contribué à la création du lycée de Suzhou (江苏师范学堂). Il a invité plus de 10 professeurs du Japon. La dynastie Qing lui décerne alors une médaille. En 1909, Fujita devient professeur à la prestigieuse université de Pékin.
En 1912, le Japon est revenu au Japon. Il a vécu à Tokyo et a fait des recherches sur l'histoire des interactions Est-Ouest. En 1920, il obtient un doctorat en littérature.
En 1923, il était professeur à l'université de Waseda. Il a enseigné l'histoire du transport maritime Est-Ouest et l'histoire des régions occidentales (Chine, Xiyu, Xinjiang actuel).
En 1925, il devient professeur à l'université impériale de Tokyo et premier conférencier sur l'histoire de l'Asie de l'Est.
En 1928, il devient professeur et ministre de la culture et de la politique à l'université impériale de Taibei (臺北帝國大學). En mai 1929, il retourne à Tokyo pour donner à nouveau une conférence sur l'histoire des Xiyu. Mais en juillet, il meurt d'une insuffisance rénale.
