1945 - 1949
Le transport aérien s'est développé rapidement en France après la Seconde Guerre mondiale. La sécurité du transport aérien nécessitait un personnel formé spécifiquement pour cette activité. Il fallait également que les personnes des différents secteurs du monde de l'aviation travaillent ensemble et se comprennent. C'est pourquoi l'ENAC a été créée. Max Hymans, le secrétaire général de l'aviation civile et commerciale, en était l'organisateur principal.
1949 - 1955
L'ENAC est créée le 28 août 1949 (décret 49-1205) à Paris. L'université était située à Orly, au sud de Paris. René Lemaire considère l'ENAC comme "une université de la sécurité aérienne". Cette priorité donnée à la sécurité est naturelle pour l'ENAC, étant la première raison de la formation des futurs techniciens et des futurs aviateurs dans une seule et même université.
Un rapport de l'Inspection générale de l'aviation civile a déclaré : "Il était dans l'esprit des créateurs de l'universalité, de développer entre l'équipage et le personnel au sol une communauté d'idées, de connaissances réciproques, et d'estime, qui sont essentielles pour le travail d'équipe requis par le transport aérien". Les stages de formation étaient plus ou moins longs selon les spécialités.
1955 - 1959
Le décret du 13 octobre 1959 annonce le premier partenaire de l'université : Air France. Il aboutit à un partage des tâches et établit un recrutement d'étudiants pilotes de ligne sans expérience préalable de vol. Auparavant, à titre expérimental, l'université avait accueilli en 1958 les premiers étudiants pilotes de ligne.
Parallèlement, l'ENAC a développé une coopération avec l'École nationale de la météorologie et a encouragé la formation de cette matière pour les contrôleurs aériens. Après la Seconde Guerre mondiale, l'ENAC a contribué à la reconversion des équipages militaires. Le Service de l'aviation légère et sportive (SALS), en vertu du décret du 31 mars 1951, assure la formation au vol gratuit des candidats pilotes de ligne issus de l'armée.
De 1949 à 1959, le nombre de cours organisés passe de 6 à 64 et le nombre d'étudiants de 49 à 800. En 1956 est créée la qualification d'instructeur de navigation, avec l'ouverture de la formation correspondante. Parfois, un cours est simplement établi pour répondre à un besoin. En 1958, le cours de formation théorique des pilotes de ligne a débuté.
La vie à l'ENAC Orly est alors ponctuée par le voyage annuel de tous les étudiants, sans doute l'un des temps forts des études. Il a son lot d'imprévus, mais aussi de rites, comme l'accueil en uniforme des responsables de l'université et des étudiants par les autorités locales, à leur arrivée dans un nouveau lieu.
1959 - 1968
L'université a déménagé à Toulouse en 1968, où se trouve aujourd'hui le campus principal. Elle est également passée d'un département externe de l'administration de l'aviation civile française à une institution de l'administration publique en 1970.
L'Université de l'aviation civile française a été créée à proximité de l'aéroport de Paris-Orly. Cette localisation à proximité du plus grand aéroport français permet une utilisation aisée des avions pour de nombreuses activités - vols de navigation, voyages promotionnels, ... et la proximité avec de nombreuses compagnies aériennes et constructeurs d'avions ou liés à l'industrie aéronautique, dont les responsables sont susceptibles d'être appelés pour des conférences, des colloques, ...
Cependant, le trafic à l'aéroport de Paris-Orly a connu une croissance rapide. Au milieu des années 1950, on a commencé à planifier un nouvel emplacement à proximité des aéroports parisiens. La décentralisation était l'un des motifs. Les emplacements potentiels font tous partie d'un rayon de 150 km autour de Paris, entre autres Melun, Pontoise, Coulommiers, Étampes, Reims, Évreux, Chartres, Orléans, etc. Un rapport daté du 20 mai 1959, énumère les inconvénients d'une localisation trop éloignée de Paris. Une analyse de René Lemaire, dans son rapport du 14 juin 1960, soutient un transfert à Toulouse. L'Université Toulouse 1 Capitole est l'une des plus anciennes universités du monde. L'École nationale supérieure d'ingénieurs de constructions aéronautiques était installée à Toulouse depuis 1961 et l'École nationale supérieure de l'aéronautique et de l'espace allait déménager de Paris vers la ville). Le 15 juin 1961, le transfert à Toulouse a été approuvé par le Premier ministre Michel Debré. Il a été confirmé par son successeur Georges Pompidou dans une lettre datée du 23 juillet 1963.
Avril 1966 commence la construction de nouveaux bâtiments sur le campus de Rangueil. Le projet s'est terminé le 19 août 1968 lorsque le personnel est invité. L'année universitaire a commencé le 16 septembre 1968. 500 étudiants sont attendus, dont 325 qui commencent leur formation. Ces derniers sont les suivants : 15 élèves ingénieurs de la navigation aérienne, issus en grande partie de l'École Polytechnique, 70 élèves ingénieurs de la navigation aérienne issus de deux années d'études après le baccalauréat français, 60 élèves pilotes de ligne, 100 élèves contrôleurs aériens, 40 élèves électroniciens, 20 élèves pilotes commerciaux et 20 élèves régulateurs de vol.
1968 - 1975
Bien qu'elle ait estimé qu'il était préférable de ne pas décider du statut de l'ENAC avant que l'université n'ouvre ses portes à son nouveau campus, la Commission permanente a pris en considération le problème d'un statut juridique inadéquat . Ce problème est ancien : identifié peu après la création de l'université, il a refait surface à de nombreuses reprises, comme l'ont montré les rapports d'inspection qui concernent la gestion de l'institution. L'ENAC est suivie de près par son autorité de tutelle. Les rapports d'inspection se succèdent à une cadence rapide, en moyenne un tous les deux ans, parfois plus. Le jugement porté sur la gestion de l'institution est parfois sévère. Ces mêmes rapports, au milieu des années 50, contestent l'existence de l'université, ce qui n'était pas le cas les années précédentes. A titre d'exemple, le rapport (confidentiel) du contrôleur de Brancourt du 12 mars 1952, basé sur l'organisation et le fonctionnement de l'ENAC. On y apprend que l'université a "un manque de doctrine", qu'"il y a une certaine tension avec le centre de formation d'Air France", et même que "l'ENAC est une folie".
En réalité, les faiblesses s'expliquent en grande partie par les difficultés causées par l'inadéquation entre le statut de l'ENAC et la nature de ses activités, qui l'oblige à dispenser des cours à des étudiants et des stagiaires qui ne sont pas tous des fonctionnaires de son autorité de tutelle, ou à faire appel à des enseignants d'origine très différente. Le lourd processus d'allocation du budget universitaire est en difficulté dès lors que d'autres types de revenus sont réduits, comme les ressources non publiques. Cela se produit davantage dans les années 1958-1964. En 1962, la direction de l'ENAC envisage d'augmenter les frais d'inscription, les prix des cours et les redevances pour les clients extérieurs à l'autorité de l'aviation civile française. Cependant, le statut de l'établissement soumet les ajustements de prix nécessaires à un processus d'approbation si difficile qu'il est finalement bloqué. C'est pourquoi, un autre type de statut, celui d'"établissement public administratif", semble beaucoup plus approprié. La décision finale est prise par le décret n° 70-347 du 13 avril 1970, avec application au 1er janvier 1971. Devenu établissement public administratif, l'ENAC est doté d'un conseil d'administration. René Lemaire en est le premier président.
1975 - 1990
A partir de 1975, une nouvelle chose commence. Elle consiste en une augmentation de la proportion d'élèves ingénieurs appelés "civils" par opposition aux élèves ingénieurs "fonctionnaires" (fonctionnaires). L'ENAC devient un acteur majeur de la formation pour l'industrie aérospatiale (personnel civil), alors que son but premier n'était que la formation des fonctionnaires de la direction générale de l'aviation civile. Il est vrai que l'existence d'étudiants pour le secteur privé n'est pas nouvelle à l'université : c'est en 1956 que sont formés les premiers d'entre eux. Mais à la fin des années 1950, ce recrutement ne concerne qu'une minorité d'étudiants. Il est surtout fait pour compenser le désavantage qui consiste en un nombre très différent d'étudiants pour travailler dans l'administration et pour éviter l'importance des promotions successives avec une trop grande différence. Cependant, cette deuxième source tend à devenir de plus en plus importante, pour finalement devenir la première. Il en résulte une révision des enseignements. Les formations d'ingénieurs de l'ENAC, en particulier celle de la spécialité appelée "installations" - elle est axée sur l'électronique - séduisent les secteurs industriels de l'électronique et de l'informatique. Sans l'avoir particulièrement souhaitée, l'université a progressivement le rôle d'une université nationale d'ingénieurs.
Université à vocation industrielle, la recherche est apparue en 1984, suite à la loi sur l'enseignement supérieur qui prévoit que "l'enseignement d'ingénieur [...] a une activité de recherche, fondamentale ou appliquée", et s'organise autour de quatre domaines : électronique, automatisme, informatique et économie du transport aérien. L'université ressent alors l'intérêt pour les futurs ingénieurs d'apprendre des méthodes de recherche : si la méthode du raisonnement déductif, longtemps privilégiée par les enseignants dans les deux années d'études après le baccalauréat et les universités françaises, montre ses limites, la méthode du raisonnement inductif, caractéristique de la recherche, apparaît progressivement mieux adaptée à la nature des fonctions exercées par les ingénieurs d'aujourd'hui. La manifestation la plus récente de l'intérêt croissant pour la recherche à l'ENAC est la création du laboratoire d'économie du transport aérien, dont la désignation traduit la volonté d'étudier, outre le transport aérien lui-même, certaines activités connexes telles que la navigation aérienne.
Le milieu des années 1980 a vu l'émergence de programmes de mastères spécialisés. Ils sont nés pour la plupart d'une demande industrielle, dont le groupement des industries françaises aéronautiques et spatiales, afin de soutenir les contrats d'exportation par la formation. En effet, tout en répondant aux besoins de nombreux étudiants ou professionnels français, elles permettent de former dans un délai relativement court certains cadres étrangers. La même période a vu la diversification de la formation continue à l'université. Les cours de formation continue sont organisés dans cinq domaines principaux : les systèmes de trafic aérien, l'électronique, l'informatique, l'aéronautique et les langues/humanités.
1990 - aujourd'hui
La dimension internationale de l'université s'est développée dans les années 1990. Elle est toutefois limitée par la conception et la mise en place du nouveau cycle de contrôleurs aériens. L'effort a nécessité une composante spécifiquement européenne. Elle consiste d'abord à participer à des projets européens tels que EATCHIP (European Air Traffic control Harmonization and Integration Program), puis à rejoindre des programmes de mobilité pour les étudiants tels qu'Erasmus ou Socrates. Dans le cadre de ces programmes, l'université accueille un nombre croissant d'étudiants étrangers. Ce faisant, elle noue des relations étroites avec des universités étrangères, dont celles de Berlin et de Darmstadt en Allemagne, ainsi que celle de Tampere en Finlande. Depuis 1990, l'université a de nouvelles missions. Ainsi, l'ENAC négocie de nouveaux contrats d'études et de recherche à l'étranger. Les années 2000 sont celles de la création de cours entièrement dispensés en langue anglaise et du développement d'activités axées sur la navigation aérienne. En 2009, l'université et son association d'anciens élèves organisent la première édition du salon du livre aéronautique à Toulouse. En décembre 2010, l'ENAC devient un centre de formation à la sûreté aérienne de l'OACI.
Parallèlement, l'université développe de nouveaux moyens d'enseignement : le simulateur de contrôle aérien "CAUTRA", le simulateur de contrôle d'aérodrome "AERSIM", un simulateur de système de gestion de vol de l'Airbus A320, une maquette statique du moteur de l'Airbus A321 et le laboratoire des réseaux de télécommunications.
Depuis le 1er janvier 2011 et la fusion de l'ENAC avec la SEFA, l'université est la plus grande université aéronautique européenne.
En 2013, l'ENAC démarre avec la DGAC la société de conseil France Aviation Civile Services.
L'histoire des têtes
Le directeur actuel de l'université est Olivier Chansou, après Marc Houalla qui a été directeur de la SEFA de 2006 au 1er janvier 2011. Il s'agit de la huitième personne à occuper ce poste depuis 1949. Il a été élu le 27 novembre 2017. Les administrateurs depuis 1949 sont indiqués dans le tableau suivant.
| Liste des responsables de l'ENAC |
| Nom | Années |
| Guy du Merle | 1948 à 1951 |
| Gilbert Manuel | 1951 à 1967 |
| Louis Pailhas | 1967 à 1982 |
| André Sarreméjean | 1982 à 1990 |
| Alain Soucheleau | 1990 à 1999 |
| Gérard Rozenknop | 1999 à 2008 |
| Marc Houalla | 2008 à 2017 |
| Olivier Chansou | depuis 2017 |
