Entre 1503 et 1505, Nicolás de Ovando, gouverneur espagnol de l'Hispaniola, a fondé la ville de Puerto Real (en anglais, "Royal Port") où se trouve la ville actuelle de "Caracol", à l'ouest de Fort-Liberté. Mais cette ville fut bientôt abandonnée et les habitants se déplacèrent vers l'est, fondant en 1578 une nouvelle ville portant le nom de Taíno de la région : Bayajá.
En 1606, les habitants des anciennes villes espagnoles de Bayajá et de Yaguana ont dû, sur ordre du roi d'Espagne, s'installer dans la partie orientale de l'île, dans une nouvelle ville appelée Bayaguana, en combinant les deux anciens noms.
Plus tard, lorsque les Français ont fondé une nouvelle ville à cet endroit, ils l'ont appelée Fort-Dauphin en 1731, du nom du "Dauphin" (le fils du roi de France Louis XV). Lors de la fondation de la République française, le nom a été changé en Fort-Liberté en 1792. Après qu'Henri Christophe soit devenu roi Henri Ier d'Haïti en 1811, il a rebaptisé la ville Fort-Royal. En 1820, après la mort de Christophe, le nom a été changé à nouveau en Fort-Liberté.
Forts autour de Fort-Liberté
Il y a plusieurs forts construits autour de la baie. L'un des plus importants est le Fort Dauphin, parfois appelé Fort Saint Joseph (patron de la ville) ou Fort Liberté. D'autres forts dans la région sont le Fort de la Bouque, la Batterie de l'Anse, le Fort Saint Charles et le Fort Saint Frédérique.
