Un microscope à fluorescence est un microscope optique qui utilise la fluorescence et la phosphorescence pour étudier les substances organiques ou inorganiques. On entend par "microscope à fluorescence" tout microscope qui utilise la fluorescence pour faire une image. Cela s'applique qu'il s'agisse d'une installation plus simple ou d'une conception plus complexe.
La plupart des microscopes à fluorescence, en particulier ceux utilisés dans les sciences de la vie, sont de type épifluorescence comme le montre le schéma. La lumière de la longueur d'onde d'excitation illumine l'échantillon à travers la lentille de l'objectif. La fluorescence émise par le spécimen est focalisée sur le détecteur. Le diviseur de faisceau dichroïque agit comme un filtre spécifique à la longueur d'onde, transmettant la lumière fluorescente à travers l'oculaire ou le détecteur, mais réfléchissant toute lumière d'excitation restante vers la source.
