Un flagelle (pluriel : flagelle) est une longue structure en forme de fouet qui aide certains organismes unicellulaires à se déplacer. Il est composé de microtubules. Ils aident à propulser les cellules et les organismes dans un mouvement de fouet. Le flagelle des eucaryotes se déplace généralement avec un mouvement en "S" et est entouré d'une membrane cellulaire.
Les Flagella sont structurellement presque identiques aux Cilia, beaucoup plus petits. A tel point qu'il a été proposé que les protistes portant l'un ou l'autre soient unifiés dans le Phylum Undulipodia. Auparavant, Margulis avait proposé que les ciliés seuls soient placés dans un Phylum Ciliophora. Certes, les protistes sont un ensemble de formes unicellulaires disparates, mais si une taxonomie plus sophistiquée est en évolution (changeante), le terme "protiste" reste utile.
Les cils et les flagelles sont des organites cellulaires, des unités spécialisées qui remplissent des fonctions bien définies, comme les mitochondries et les plastides. Il est maintenant assez clair que la totalité ou la plupart de ces organites proviennent de procaryotes autrefois indépendants (bactéries ou archées) et que la cellule eucaryote est une "communauté de micro-organismes" travaillant ensemble dans un "mariage de convenance".
