L'opéra se déroule en Allemagne au XVIe siècle.
Acte 1
|  | | "O merveille ! ... A moi les plaisirs" interprétée par Marcel Journet et Enrico Caruso en 1910 | | | (Gauche) Méphistophélès donne à Faust un aperçu de Marguerite, et il signe le contrat avec le Diable. | | | |
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Le docteur Faust est un universitaire vieillissant. Il décide que ses études n'ont rien donné. Elles lui ont seulement fait rater la vie et l'amour (Rien ! En vain j'interroge). Il tente de se suicider avec du poison. Il s'arrête quand il entend une chorale. Il maudit la science et la foi. Il demande à Satan de le guider. Méphistophélès apparaît (duo : Me voici). Il tente Faust avec une vision de la belle Marguerite au rouet. Il persuade Faust d'acheter les services de Méphistophélès sur terre en échange de ceux de Faust en enfer. La coupe de poison de Faust devient comme par magie un élixir de jeunesse. Il la boit. Le vieux médecin devient un beau jeune homme. Les deux compagnons se mettent alors au monde.
Acte 2
|  | | Le veau d'or interprété par Fiodor Chaliapin | | | (Gauche) Georgiy Petrov dans le rôle de Méphistophélès | | | |
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Près des portes de la ville, les étudiants, les soldats et les villageois chantent une chanson à boire (Vin ou Bière). Valentin part à la guerre avec son ami Wagner. Valentin demande à son jeune ami Siébel de s'occuper de sa soeur Marguerite (O Sainte Medaille). Méphistophélès apparaît. Il fournit du vin à la foule. Il chante une chanson émouvante sur le Veau d'or. Méphistophélès dit du mal de Marguerite. Valentin tente de le frapper avec son épée. L'épée se brise en l'air. Valentin et ses amis se servent de la pointe en forme de croix de leur épée pour chasser ce qu'ils savent maintenant être une puissance infernale (refrain : De l'enfer). Méphistophélès est rejoint par Faust. Les villageois dansent une valse (Ainsi que la brise légère). Marguerite apparaît. Faust déclare son admiration. Elle refuse de marcher avec Faust par modestie.
Acte 3
|  | | "Ah je ris de me voir si belle" chanté par Nellie Melba | | | (Gauche) Le jardin de Marguerite dans la mise en scène originale, scénographie de Charles-Antoine Cambon et Joseph Thierry | | | |
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Dans le jardin de Marguerite, Siébel, qui est amoureux, laisse un bouquet à Marguerite (Faites-lui mes aveux). Faust envoie Méphistophélès à la recherche d'un cadeau pour Marguerite et chante une cavatine (Salut, demeure chaste et pure) qui idéalise Marguerite comme une pure enfant de la nature. Méphistophélès apporte une boîte décorée contenant des bijoux exquis et un miroir à main et la laisse sur le pas de la porte de Marguerite, à côté des fleurs de Siébel. Marguerite entre, méditant sur sa rencontre avec Faust aux portes de la ville, et chante une ballade mélancolique sur le roi de Thulé (Il était un roi de Thulé).
Marthe, la voisine de Marguerite, remarque les bijoux et dit qu'ils doivent provenir d'un admirateur. Marguerite essaie les bijoux et est captivée par la façon dont ils mettent en valeur sa beauté, alors qu'elle chante dans le célèbre air, la Chanson des bijoux (Ah ! je ris de me voir si belle en ce miroir). Méphistophélès et Faust rejoignent les femmes dans le jardin et les romancent. Marguerite permet à Faust de l'embrasser (Laisse-moi, laisse-moi contempler ton visage), mais lui demande ensuite de s'en aller. Elle chante à sa fenêtre pour qu'il revienne vite, et Faust, qui l'écoute, revient vers elle. Sous l'œil attentif et le rire malveillant de Méphistophélès, il est clair que la séduction de Faust sur Marguerite sera réussie.
Acte 4
|  | | Vous qui faites l'endormie interprétée par Feodor Chaliapin | | | (Gauche) Marguerite prie dans la cathédrale, décor de Cambon | | | |
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La chambre de Marguerite / Une place publique devant sa maison / Une cathédrale [Note : Les scènes des actes 4 et 5 sont parfois données dans un ordre différent et certaines parties sont parfois raccourcies ou coupées en cours de représentation].
Après avoir été fécondée et abandonnée par Faust, Marguerite a accouché et est une paria sociale. Elle chante un aria à son rouet (Il ne revient pas). Siébel est à ses côtés. La scène se déplace sur la place devant la maison de Marguerite. La compagnie de Valentin revient de la guerre pour une marche militaire (Deposons les armes et Gloire immortelle de nos aïeux, le fameux "chœur de soldats"). Siébel demande à Valentin de pardonner à Marguerite. Valentin se précipite dans sa maison. Alors qu'il est à l'intérieur, Faust et Méphistophélès apparaissent, et Méphistophélès, pensant que seule Marguerite est là, chante sous la fenêtre de Marguerite (Vous qui faites l'endormie) un burlesque moqueur d'une sérénade d'amoureux. Valentin sort de la maison, sachant que Faust a débauché sa sœur. Les trois hommes se battent, Méphistophélès bloquant l'épée de Valentin, permettant à Faust d'effectuer la poussée fatale. Dans son dernier souffle, Valentin blâme Marguerite pour sa mort et la condamne à l'Enfer devant les villageois réunis (Ecoute-moi bien Marguerite). Marguerite se rend à l'église et tente d'y prier mais est arrêtée, d'abord par Méphistophélès puis par un chœur de diables. Elle termine sa prière mais s'évanouit quand elle est de nouveau maudite par Méphistophélès.
Acte 5
Les montagnes du Harz la nuit de Walpurgis / Une caverne / L'intérieur d'une prison
Méphistophélès et Faust sont entourés de sorcières (Un, deux et trois). Faust est transporté dans une grotte de reines et de courtisanes, et Méphistophélès promet à Faust l'amour des plus grandes et des plus belles femmes de l'histoire. Un ballet orgiaque suggère les réjouissances qui se poursuivent toute la nuit. À l'approche de l'aube, Faust voit une vision de Marguerite et l'appelle. Méphistophélès aide Faust à entrer dans la prison où Marguerite est détenue pour avoir tué son enfant. Ils chantent un duo d'amour (Oui, c'est toi que j'aime). Méphistophélès affirme que seule une main mortelle peut délivrer Marguerite de son sort, et Faust propose de la sauver du bourreau, mais elle préfère confier son sort à Dieu et à ses anges (Anges purs, anges radieux). À la fin, elle demande pourquoi les mains de Faust sont couvertes de sang, le repousse et tombe sans bouger. Méphistophélès maudit, alors qu'une voix haut perchée chante "Sauvée ! ("Sauvé !"). Les cloches de Pâques sonnent et un chœur d'anges chante "Christ est ressuscité !". (''Christ est ressuscité!''). Les murs de la prison s'ouvrent, et l'âme de Marguerite monte au ciel. En désespoir de cause, Faust la suit des yeux ; il tombe à genoux et prie. Méphistophélès est détourné par l'épée brillante de l'archange.