Everton a débuté en 1878 sous le nom de St Domingo's FC. Au début, il était réservé aux personnes qui se rendaient à l'église de Sainte-Dominique, mais le nombre de personnes intéressées était tel qu'il a permis aux habitants de la région de s'y joindre également. Un an plus tard, le club a été rebaptisé Everton Football Club, d'après le nom de la région. Le tout premier match de l'Everton Football Club a eu lieu en 1879 contre une équipe appelée St Peter's. Everton l'a emporté 6-0.
Everton a participé à la FA Cup lors de la saison 1886/87. Ils ont été battus 1-0 par les Rangers au premier tour. Le football devenant de plus en plus populaire en Angleterre, les clubs ont réalisé qu'ils avaient besoin d'une ligue organisée. En 1888, la Football League a été fondée. Everton était l'un des 12 membres fondateurs. Preston North End a remporté les deux premières ligues et Everton la troisième en 1891. Ils remportent leur deuxième trophée, la FA Cup, en 1905, mais n'en gagneront un autre qu'en 1916. Ce n'est qu'en 1927 qu'Everton connaît sa première période de long succès. En 1925, ils signent avec Dixie Dean qui, en 1927, marque 60 buts en 39 matchs, établissant un nouveau record mondial et menant Everton à un nouveau titre de champion. Everton a été relégué, ou envoyé en deuxième division en 1930/1931. En l'espace d'un an, ils ont été promus et le club n'a plus été relégué depuis, sauf en 1950/51 (ce qui s'est traduit par trois saisons en deuxième division). Cela fait d'eux l'équipe de football anglais qui a connu le plus grand nombre de saisons consécutives dans la première division du football anglais, à l'exception d'Arsenal qui n'a cessé d'évoluer en première division depuis 1919/20.
La deuxième période de succès d'Everton a lieu après 1961, lorsque Harry Catterick se voit confier le poste de directeur. Sous la direction de Catterick, Everton a remporté deux titres de champion et quatre coupes entre 1961 et 1970. Ce succès n'a cependant pas duré et, après trois ans de faibles résultats en ligue, Catterick a quitté son poste. Le club a fini au milieu de la table, ou en milieu de tableau, pendant le reste des années 1970 avec une série de managers qui n'ont pas réussi. En 1981, le club a nommé Howard Kendall comme nouveau manager. Il a transformé Everton et est finalement devenu le manager le plus performant de l'histoire du club, remportant deux titres de champion et trois coupes entre 1981 et 1987. Cette période a également vu l'Everton remporter un seul et unique trophée européen, la Coupe des vainqueurs de coupe en 1985. En demi-finale, Everton a battu les champions allemands du Bayern Munich 3-1, un match qui a été élu comme le plus grand de tous les temps à Goodison Park. La finale a vu une autre victoire 3-1 d'Everton contre le Rapid Vienne, couronnant les champions de la Coupe des vainqueurs de coupe européenne ; leur premier et seul titre européen à ce jour.
En 1985, plusieurs fans de Liverpool et 39 de la Juventus sont morts lorsque la foule a commencé à se battre dans un stade du Heysel, en Belgique. L'UEFA a décidé que les fans de Liverpool étaient les principaux responsables. Pour cette raison, tous les clubs anglais n'étaient pas autorisés à jouer contre des équipes européennes avant 1991. Everton n'a donc pas eu la possibilité de défendre son titre européen et l'équipe s'est progressivement dissoute, vendant nombre de ses meilleurs joueurs à d'autres clubs européens. Au début des années 90, le club n'a pas été très performant, ayant failli être relégué à deux reprises et connaissant de nombreux problèmes d'argent. Il est cependant devenu l'un des premiers membres de la nouvelle Premier League anglaise lors de sa création en 1992. Il a connu un certain succès sous la direction d'un manager appelé Joe Royle, qui a pris la relève en 1994. Lors de sa deuxième saison à la tête du club, il a évité à Everton la relégation et a remporté la FA Cup, le premier trophée du club en sept ans. Sous la direction de Royle, le club ne cesse de progresser, terminant 6e et 7e aux saisons 1996 et 1997.
Mais après deux saisons, les performances du club se sont dégradées et Kendall a été licencié après avoir évité de justesse la relégation lors de la saison 1998/99. L'ancien joueur Walter Smith a pris la relève pendant trois saisons, mais il n'a pas réussi à faire de bonnes performances, dépensant beaucoup d'argent mais ne permettant pas à l'équipe d'atteindre de bonnes positions en championnat. David Moyes a pris la relève en 2002 et a été l'un des meilleurs managers du club à ce jour. Sous sa direction, le club est devenu une équipe régulière du top 10, terminant à la 4e place en 2005, sa meilleure performance en Premier League.
Sous sa direction, Wayne Rooney a été intégré à la première équipe et il a rapidement été vendu à Manchester United pour 27 millions de livres, un record pour le club. Depuis 2005, Everton a régulièrement terminé dans le top 8 et a atteint les huitièmes de finale de la Coupe de l'UEFA en 2007 et la finale de la FA Cup en 2009.
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