Un entérotype est une classification de la flore intestinale. Elle est basée sur l'écosystème du système intestinal humain. La classification se fait par l'identification des bactéries et des protistes qui y vivent. C'est ce qu'on appelle le "biome intestinal humain".
Les recherches montrent qu'il existe trois écosystèmes distincts dans les entrailles de l'homme. Les gens peuvent être classés dans l'un de ces trois groupes en fonction des bactéries présentes dans leurs intestins. L'entérotype de chaque personne est fixé alors que la personne est un nourrisson.
L'entérotype affecte la capacité d'une personne à digérer des aliments ou à absorber des médicaments. Les chimpanzés ont des entérotypes qui ressemblent aux entérotypes humains.
Le type 1 présente des niveaux élevés de Bacteroides. Les Prevotella sont courantes dans le type 2. Le type 3 présente des taux élevés de Ruminococcus.