La cristallographie électronique est une méthode permettant de déterminer l'agencement des atomes dans les solides à l'aide d'un microscope électronique à transmission (MET).

Cette méthode fonctionne dans de nombreux cas où la cristallographie aux rayons X ne fonctionne pas. Cette dernière a besoin de grands cristaux 3D pour fonctionner.

Les structures protéiques sont généralement réalisées à partir de cristaux bidimensionnels (feuilles ou hélices), de polyèdres tels que les capsides virales, ou de protéines dispersées. Les électrons peuvent être utilisés dans ces situations, alors que les rayons X ne le peuvent pas, car les électrons interagissent plus fortement avec les atomes que les rayons X.

La cristallographie électronique est une méthode permettant de déterminer l'agencement des atomes dans les solides à l'aide d'un microscope électronique à transmission (MET). La méthode a été inventée par Aaron Klug, qui a reçu le prix Nobel de chimie pour cela, et ses études sur les structures des virus et le transfert d'ARN, en 1982.

La première structure protéique par cristallographie électronique à être résolue a été la bactériorhodopsine en 1990. Depuis lors, plusieurs autres structures à haute résolution ont été réalisées par cristallographie électronique, notamment le complexe de récolte de la lumière et le flagelle bactérien.