L'épissage alternatif permet à l'ADN de coder pour plus d'une protéine. Il fait varier la composition de l'exon de l'ARN messager.

Dans l'épissage alternatif, les exons de l'ARN pré-messager produits par la transcription sont reconnectés de différentes manières pendant l'épissage de l'ARN.

Cela produit différents ARN messagers matures à partir du même gène. Ils sont traduits en différentes protéines. Ainsi, un seul gène peut coder pour plusieurs protéines.

L'épissage alternatif est normal dans les eucaryotes. Il augmente considérablement la diversité des protéines qui peuvent être codées par le génome. Chez l'homme, environ 95 % des gènes multi-exoniques sont épissés alternativement.

Il existe plusieurs types d'épissures alternatives : la plus courante est le saut d'exon. Un exon peut être inclus dans les ARNm dans certaines conditions ou dans des tissus particuliers, et omis de l'ARNm dans d'autres. Il existe des activateurs d'épissage qui favorisent l'utilisation d'un site d'épissage particulier, et des répresseurs d'épissage qui réduisent l'utilisation d'un site particulier. De nouveaux types d'épissage alternatifs sont en train d'être découverts.

Des variations anormales de l'épissage se produisent dans la maladie. De nombreuses maladies génétiques humaines proviennent de variantes d'épissage. Les variantes d'épissage anormales peuvent également contribuer au développement de cancers. Les produits d'épissage non fonctionnels sont généralement traités par un contrôle de qualité post-transcriptionnel. C'est-à-dire qu'ils sont hachés par des enzymes.