Le 24 juillet 1844, après l'indépendance dominicaine, le gouvernement a créé cinq départements (un autre nom pour la province) ; l'un de ces départements était le département d'El Seibo, avec les municipalités d'El Seibo, Hato Mayor, Higüey et Samaná. La première constitution dominicaine a conservé cette division, mais en tant que provinces au lieu de départements.
La province d'origine possédait toute la partie orientale de l'Hispaniola, y compris la péninsule de Samaná. Mais bientôt, la province a été réduite pour en faire de nouvelles provinces. Les deux premières nouvelles provinces créées avec des terres de la province d'El Seibo ont été Samaná en 1865 et San Pedro de Macorís en 1882.
En 1961, l'ancienne province de La Altagracia, qui a ensuite été divisée en provinces de La Altagracia et de La Romana, a été constituée à partir de la province d'El Seibo. La dernière province faite avec une partie d'El Seibo a été Hato Mayor en 1984.
Les habitants de cette province ont participé à la guerre contre Haïti pendant la guerre d'indépendance ; le chef de file était Pedro Santana, qui possédait une ferme près de la ville d'El Seibo et qui est devenu le premier président du pays.
Avant cela, les habitants d'El Seibo se sont battus contre l'armée française. La bataille la plus importante fut celle de Palo Hincado, remportée par le peuple dominicain le 7 novembre 1808, dans une savane (Palo Hincado Savanna) juste à l'est de Santa Cruz del Seibo. Bientôt, les Français ont dû quitter le pays, et toute l'île ; ils avaient aussi perdu Haïti.
Les districts municipaux de la province ont été créés en :
- 1997 : Pedro Sánchez
- 2001 : El Cedro
- 2005 : La Gina
- 2006 : San Francisco-Vicentillo et Santa Lucía