La génétique écologique est l'étude de la génétique et de l'évolution des populations naturelles.

Cela contraste avec la génétique classique, qui travaille surtout sur les croisements entre souches de laboratoire, et l'analyse des séquences d'ADN, qui étudie les gènes au niveau moléculaire.

La recherche en génétique écologique porte sur les traits liés à la forme physique, qui affectent la survie et la reproduction d'un organisme. Il peut s'agir, par exemple, du temps de floraison, de la tolérance à la sécheresse, du polymorphisme, du mimétisme, de la défense contre les prédateurs.

La recherche implique généralement un mélange d'études sur le terrain et en laboratoire. Des échantillons de populations naturelles peuvent être ramenés au laboratoire pour que leur variation génétique soit analysée. Les changements dans les populations à différents moments et endroits seront notés, et le schéma de mortalité dans ces populations sera étudié. Les recherches sont souvent effectuées sur des insectes et d'autres organismes dont le temps de génération est court.