L'alligator est un genre de l'ordre des crocodiles. Il existe deux espèces vivantes : l'alligator américain et le petit alligator chinois. Avec les caïmans, les gharials et les crocodiles, ils forment l'ordre des Crocodiliens.

Les premiers alligators existaient il y a environ 37 millions d'années. Cependant, les espèces plus anciennes d'alligators se sont éteintes.