CRISPR est un terme utilisé en microbiologie. Il signifie "Clustered Regularly-Interspaced Short Palindromic Repeats". Il s'agit d'un segment naturel du code génétique des procaryotes : la plupart des bactéries et des archaebactéries en sont dotées.

CRISPR comporte beaucoup de courtes séquences répétées. Ces séquences font partie d'un système immunitaire adaptatif pour les procaryotes. Elles leur permettent de se souvenir et de contrer d'autres organismes qui en sont la proie, comme les bactériophages.

Ils ont le potentiel de modifier les gènes de presque tous les organismes. Ils font partie d'un outil qui permet de couper et d'insérer les gènes de manière ciblée dans la modification génétique (GM). Des travaux sont en cours pour trouver comment ils peuvent être utilisés pour attaquer les maladies virales chez l'homme.