Dans le passé, le chikungunya existait surtout dans les pays en développement. Cependant, plus récemment, des épidémies (où un très grand nombre de personnes contractent le virus) ont eu lieu dans l'océan Indien, les îles du Pacifique et les Amériques.
Lorsque le chikungunya a été découvert pour la première fois en 1952, il était peu courant et ne se produisait qu'en Afrique de l'Ouest. Les gens attrapaient généralement la maladie pendant la saison des pluies, car les moustiques sont plus fréquents à cette époque. À partir des années 1960, il y a eu parfois des épidémies en Asie et en Afrique. Cependant, jusqu'en 2005, le chikungunya était peu fréquent dans le monde entier.
Depuis 2005, le chikungunya est devenu beaucoup plus courant. Il a provoqué des épidémies importantes en Afrique, en Asie et en Amérique. En Inde, par exemple, le chikungunya est réapparu après 32 ans, alors qu'aucun Indien n'avait contracté le virus. Des épidémies ont également eu lieu en Europe, dans les Caraïbes et en Amérique du Sud, où le chikungunya ne s'était jamais propagé auparavant. Quelques personnes ont également contracté le chikungunya aux États-Unis et en Australie, où le virus n'avait jamais vécu auparavant.
En 2005, une très importante épidémie s'est déclarée à la Réunion, une île de l'océan Indien. Sur les quelque 770 000 personnes qui vivaient sur l'île, environ 266 000 (plus d'une personne sur trois) ont contracté le chikungunya. En 2006, environ 1,25 million de personnes en Inde ont contracté le virus.
Le chikungunya s'est récemment répandu sur le continent américain. De 2013 à 2014, on estime que 1 118 763 personnes ont été infectées par le virus sur le continent américain. Parmi ces cas, 24 682 se sont avérés être des chikungunya.
Certains scientifiques pensent que le chikungunya est devenu beaucoup plus courant en raison d'une modification du code génétique du virus. Cette modification pourrait avoir facilité la copie du virus dans les cellules de moustiques. Il se peut également que le virus ait été plus facilement transmis par le moustique tigre d'Asie (Aedes albopictus). Ceci est important car le moustique tigre asiatique vit dans beaucoup plus d'endroits que l'Aedes aegypti, l'autre espèce de moustique qui transmet le chikungunya aux humains. L'Aedes aegypti ne vit que dans les régions tropicales. Cependant, le moustique tigre d'Asie se répand facilement et vit en Europe, en Amérique, dans les Caraïbes, en Afrique et au Moyen-Orient.