De 1826 à 1840, Knox dirige l'école d'anatomie de Barclay à Surgeon's Square, à Édimbourg. Il était le conférencier d'anatomie le plus populaire d'Écosse, mais sa classe manquait toujours de corps à disséquer.
Avant que la loi sur l'anatomie de 1832 n'élargisse l'offre, la seule offre légale de cadavres à des fins anatomiques au Royaume-Uni était celle des personnes condamnées à mort et à la dissection par les tribunaux. Cela a entraîné une pénurie de sujets légitimes à disséquer. Cette pénurie s'est aggravée à mesure que le besoin de former des étudiants en médecine s'est accru et que le nombre d'exécutions a diminué.
Dans son école, Knox s'est heurté au problème dès le début, puisque - après 1815 - les Royal Colleges avaient augmenté l'étude de l'anatomie dans le programme d'études médicales. S'il avait enseigné selon ce que l'on appelait la "méthode française", le ratio aurait dû approcher un cadavre par élève. En conséquence, le vol de corps est devenu si courant qu'il n'était pas rare que les parents et les amis d'une personne qui venait de mourir veillent sur le corps avant et après l'enterrement, pour empêcher qu'il soit dérobé.
En novembre 1827, William Hare commence une nouvelle carrière lorsqu'un locataire endetté meurt par hasard. Il a été payé 7,10 £ (sept livres et dix shillings) pour avoir livré le corps à Knox. Aujourd'hui, Burke et son complice Hare se mettent à assassiner régulièrement des clochards et des ivrognes. Après 16 autres transactions, dans ce qui est devenu les West Port Murders, le 2 novembre 1828, Burke et Hare ont été arrêtés. Toute la ville fut saisie d'horreur, alimentée par les ballades, les bordures de rue et les journaux, à la suite des terribles actes de Burke & Hare. Hare a transformé le témoignage de King, et Burke a été pendu, disséqué et exposé.
Burke est le boucher, Hare est le voleur,
Knox, le garçon qui achète le boeuf !
Knox n'a pas été poursuivi, ce qui a scandalisé de nombreuses personnes à Édimbourg. Sa maison a été attaquée par une foule, et des fenêtres ont été brisées. Un comité de la Royal Society of Edinburgh l'a innocenté, mais il n'a pas oublié son rôle dans l'affaire, et beaucoup se sont méfiés de lui.