La région Bourgogne-Franche-Comté est la sixième plus grande région de France avec une superficie de 47 783,3 km2 (18 449 mi2). Elle est située dans le nord-est de la France et est limitrophe au nord avec le Grand Est, à l'ouest avec l'Île-de-France et le Centre-Val de Loire, au sud avec l'Auvergne-Rhône-Alpes et à l'est avec la Suisse (les cantons de Vaud, Neuchâtel et Jura).
Les distances entre Besançon, la capitale de la région, et les autres villes sont :
- Paris, la capitale nationale, à 410 km ;
- Bordeaux, 729 km (453 mi) ;
- Toulouse, 762 km (473 mi) ;
- Marseille, 538 km (334 mi) ;
- Lyon, 227 km (141 mi) ;
- Montpellier, 523 km (325 mi) ;
- Nice, 694 km (431 mi).
Rivières
Les principaux fleuves de la région sont la Saône et son affluent le Doubs. Le fleuve Loire traverse le sud-ouest de la région, à Nevers. La Seine prend sa source dans le département de la Côte-d'Or.
Montagnes
La région compte trois grandes chaînes de montagnes :
- Les Vosges se trouvent au nord-est de la région et son point culminant en Bourgogne-Franche-Comté est le Ballon de Servance, haut de 1 216 m.
- Les montagnes du Jura se trouvent à la limite orientale ; ici se trouve le Crêt Pela, le point culminant de Bourgogne-Franche-Comté avec 1 495 m.
- Les montagnes du Morvan se trouvent au centre de la partie occidentale ; son point culminant est le Haut-Folin, à 901 m d'altitude.
Le Crêt Pela (46°24′50″N 6°1′19″E / 46.41389°N 6.02194°E / 46.41389 ; 6.02194 (Crêt Pela)), à 1 495 m, est la plus haute montagne de la région Bourgogne-Franche-Comté. Elle se trouve dans le massif du Jura.
Le point culminant des différents départements de la région Bourgogne-Franche-Comté :
| Département | Montagne | Élévation |
| Côte-d'Or | Mont de Gien | 721 m (2 365 ft) |
| Doubs | Mont d'Or | 1 461 m (4 793 ft) |
| Jura | Crêt Pela | 1 495 m (4 905 ft) |
| Nièvre | Mont Préneley | 855 m (2 805 ft) |
| Haute-Saône | Ballon de Servance | 1 216 m (3 990 ft) |
| Saône-et-Loire | Haut-Folin | 901 m (2 956 ft) |
| Yonne | Bois de la Pérouse | 607 m (1 991 ft) |
| Territoire de Belfort | Ballon d'Alsace | 1 247 m (4 091 ft) |