Comme l'Afrique est un très grand continent, et qu'elle s'étend du nord au sud en passant par l'équateur, la zone présente de nombreux climats et habitats différents.
La plupart des pays afrotropics ont un climat tropical. Une large ceinture de déserts sépare l'écozone afrotropicale de l'écozone paléarctique, qui comprend l'Afrique du Nord et l'Eurasie tempérée.
Sahel et Soudan
Au sud du Sahara, deux ceintures de prairies tropicales et subtropicales, de savanes et d'arbustes traversent le continent d'est en ouest, de l'océan Atlantique aux hauts plateaux éthiopiens.
Immédiatement au sud du Sahara se trouve la ceinture du Sahel, une zone de transition composée de prairies courtes semi-arides et de savane d'acacias.
Les précipitations augmentent plus au sud au Soudan, une ceinture de prairies et de savanes plus hautes. La savane soudanaise abrite deux grandes prairies et savanes inondées, la zone humide du Sudd au Soudan, et le delta intérieur du Niger au Mali.
Les forêts du sud de l'Arabie
L'Arabie du Sud, principalement le Yémen et certaines parties de l'ouest d'Oman et du sud-ouest de l'Arabie Saoudite, possède peu de forêts permanentes. Sinon, les forêts éparpillent la terre et sont de très petites forêts de genévriers ou d'acacias.
Zone forestière
Une ceinture de forêts tropicales humides de feuillus de plaine, traverse la majeure partie de l'Afrique équatoriale.
La plus grande zone de forêt tropicale en Afrique est celle des forêts du bassin du Congo en Afrique centrale. Une ceinture de forêts tropicales humides de feuillus s'étend également le long de la côte de l'océan Indien, du sud de la Somalie à l'Afrique du Sud.
Afrique de l'Est
La vallée du Grand Rift donne à l'Afrique de l'Est son mélange unique de lacs profonds, de hautes terres, de volcans et de prairies.
- Prairies d'acacia et de commiphora
- Serengeti
- Le lac Victoria
- Ngorongoro
- Les gorges d'Olduvai
Afrique australe
Forêts, savanes, prairies et désert.
- Désert du Namib
- Désert du Kalahari
Madagascar et les îles de l'océan Indien
Madagascar et les îles voisines forment une sous-région distincte de l'écozone, avec de nombreux taxons endémiques comme les lémuriens.
Madagascar et les Seychelles ne font pas partie de l'Afrique, ce qui explique pourquoi les primates avancés d'Afrique (singes, singes) ne se trouvent pas à Madagascar. En effet, Madagascar n'est plus relié à l'Afrique depuis l'éclatement du Gondwana. Les lémuriens occupent plus ou moins les mêmes niches écologiques que les singes en Afrique.
D'autres îles de l'océan Indien, comme les Comores et les Mascareignes, sont des îles volcaniques qui se sont formées plus récemment. Madagascar contient plusieurs biosphères importantes : sa biodiversité et le nombre d'espèces uniques sont élevés.
- Forêts sèches caducifoliées de Madagascar
- Les fourrés épineux de Madagascar
- Forêts tropicales humides des basses terres de l'est de Madagascar