Comme toutes les épices orientales, le poivre était historiquement à la fois un assaisonnement et un médicament. Le poivre long, étant plus fort, était souvent le médicament préféré, mais les deux étaient utilisés.
Les grains de poivre noir sont mentionnés dans les médecines Ayurveda, Siddha et Unani en Inde. Le Livre syriaque des médicaments du Ve siècle prescrit le poivre (ou peut-être le poivre long) pour des maladies telles que la constipation, la diarrhée, les maux d'oreilles, la gangrène, les maladies cardiaques, les hernies, l'enrouement, l'indigestion, les piqûres d'insectes, l'insomnie, les douleurs articulaires, les problèmes de foie, les maladies pulmonaires, les abcès buccaux, les coups de soleil, les caries dentaires et les maux de dents. Diverses sources à partir du 5e siècle affirment également que le poivre est bon pour traiter les problèmes oculaires. Souvent, des pommades spéciales à base de poivre doivent être appliquées directement sur l'œil. Il n'y a pas de preuves médicales actuelles qu'un de ces traitements soit bénéfique ; l'application directe du poivre sur l'œil serait assez inconfortable et éventuellement nuisible.
Pendant longtemps, les gens ont cru que le poivre était la cause des éternuements ; c'est encore vrai aujourd'hui. Certaines sources affirment que la pipérine irrite les narines, ce qui provoque l'éternuement ; d'autres disent que c'est juste l'effet de la fine poussière du poivre moulu, et d'autres encore disent que le poivre n'est en fait pas du tout un produit très efficace pour les éternuements. Peu d'études contrôlées, voire aucune, n'ont été réalisées pour répondre à cette question.
Le poivre peut irriter les intestins. Il est donc éliminé du régime alimentaire des patients ayant subi une chirurgie abdominale et des ulcères. Le remplacement est généralement appelé régime fade.
Le poivre contient de petites quantités de safrole, un composé cancérigène.
