Les organes vestigiaux sont des organes du corps qui sont plus petits et plus simples que ceux des espèces apparentées. Ils ont perdu, ou presque, leur caractéristique d'origine.

La vestigialité est une preuve de l'évolution, car elle n'a de sens que si l'évolution a eu lieu. Ils ont été l'une des énigmes de l'histoire naturelle pré-darwinienne. L'énigme a disparu lorsque les biologistes ont réalisé qu'ils travaillaient autrefois sur des adaptations, chez les ancêtres des animaux d'aujourd'hui.

Ils sont présents dans des animaux (et des plantes) qui ont changé leur mode de vie par rapport à leurs ancêtres. Ainsi, les serpents ont perdu leurs pattes lorsque leur système de mouvement a changé. Mais un type de serpent - les boas - a des pattes arrière et un bassin résiduels. L'appendice vermiforme humain en est un autre exemple. Il était beaucoup plus gros et stockait des microbes qui produisaient de la cellulase pour décomposer les parois cellulaires des plantes. Les feuilles sont le principal aliment des singes, mais elles ne constituent pas une part importante du régime alimentaire de l'homme. La cellulose ne peut pas être digérée par notre espèce.

Un organe inutilisé dégénère généralement et devient plus petit ou disparaît complètement. Ainsi, les amphibiens vivant dans des grottes sombres perdent la vue et la couleur de leur corps. Les mutations s'accumulent. Toutes les structures ont besoin d'énergie pour leur développement, leur entretien et leur poids. Ceci, et le risque de maladie de la partie (par exemple, infection, cancer), permettent une certaine sélection pour l'élimination des parties qui ne contribuent plus à la bonne santé d'un organisme.

L'appendice humain a été sélectionné contre lui en raison des décès dus à l'appendicite. L'appendicite était incurable jusqu'à l'époque moderne. La pression de sélection était probablement faible, car la plupart des cas surviennent après l'âge du pic de fertilité.

Les observations sur l'amphipode des cavernes Gammarus minus ont montré une sélection active contre leurs yeux vestigiaux. Lors de l'accouplement, les mâles restent sur leurs femelles pendant environ une semaine après la fécondation, les protégeant ainsi des autres mâles. La taille des yeux des mâles appariés a été comparée à celle des mâles non appariés. La taille des yeux des mâles appariés était plus petite que celle des mâles non appariés. Il est évident qu'en moyenne, les mâles appariés ont une fertilité plus élevée que les mâles non appariés. Le gradient de sélection a été estimé à -0,30, ce qui signifie que la sélection pour les petits yeux était assez forte. Les chercheurs ont supposé que la perte de la vue libérait une plus grande partie du système nerveux pour traiter d'autres entrées sensorielles. p310

Parfois, la sélection transforme les organes résiduels en une nouvelle fonction. Ainsi, les osselets des oreilles de mammifères étaient autrefois les os de la mâchoire des premiers protomammifères, les Therapsida. Les licous des mouches en sont un parfait exemple. Le mot "exaptation" a été inventé pour ce phénomène.