Les transposons se retrouvent dans de nombreuses formes de vie. Ils peuvent être apparus indépendamment à de nombreuses reprises, ou peut-être une seule fois, puis s'être répandus dans d'autres royaumes par transfert horizontal de gènes.
Si certains transposons peuvent conférer des avantages à leurs hôtes, la plupart sont considérés comme des parasites égoïstes de l'ADN. De ce fait, ils sont similaires aux virus. Divers virus et transposons partagent également des caractéristiques dans la structure de leur génome et leurs capacités biochimiques, ce qui conduit à la spéculation qu'ils partagent un ancêtre commun.
Une activité de transposon excessive peut détruire un génome, ce qui est mortel. De nombreux organismes ont développé des mécanismes pour les inhiber. Les bactéries peuvent utiliser la délétion de gènes pour éliminer les transposons et les virus de leur génome, tandis que les organismes eucaryotes utilisent l'interférence ARN (ARNi) pour inhiber l'activité des transposons.
Dans les cellules d'animaux vertébrés, la quasi-totalité des plus de 100 000 transposons d'ADN d'un génome codent pour des polypeptides inactifs. Chez l'homme, tous les transposons de classe I sont inactifs. Le premier transposon d'ADN utilisé comme outil à des fins génétiques, le système de transposons de la Belle au bois dormant, est un transposon qui a été ressuscité d'un long sommeil évolutif.
Rôle dans le système immunitaire
Les transposons peuvent avoir été cooptés par le système immunitaire des vertébrés comme moyen de produire une diversité d'anticorps : Le système de recombinaison du V(D)J fonctionne par un mécanisme similaire à celui des transposons. Il s'agit d'un système de trois gènes qui se réarrangent dans la production de lymphocytes de vertébrés. Le système code diversement les protéines pour faire correspondre les antigènes des bactéries, des virus, des parasites, des cellules dysfonctionnelles telles que les cellules tumorales et les pollens.
La séquence finale de l'ADN, et donc la séquence de l'anticorps, est très variable, même lorsque les deux mêmes segments V, D ou J sont réunis. Cette grande diversité permet à la recombinaison de la VDJ de générer des anticorps, même contre des microbes que ni l'organisme ni ses ancêtres n'ont jamais rencontrés auparavant.