Christophe Colomb a vu cette île le 6 décembre 1492 et l'a visitée le 14 décembre. Il a appelé l'île La Tortuga, "la tortue" en espagnol, car elle a la forme, vue de la mer, d'une tortue.
Les Espagnols ne s'intéressaient pas à l'île de Tortuga parce qu'ils essayaient de former une colonie dans la grande île d'Hispaniola. Cette île est donc restée sans habitants pendant la majeure partie du XVIe siècle.
Des gens de différents pays européens, principalement d'Angleterre, sont venus vivre dans cette île. En 1625, des Français sont venus de l'île de Saint-Kitts. Ils vivaient dans la partie sud de l'île où il y a des terres plates et ont essayé de faire pousser quelques cultures comme le tabac. Ils se sont également rendus à Hispaniola, qu'ils ont appelée la Grande Terre, pour chasser les vaches et les porcs sauvages et, comme ils utilisaient une technique de cuisson Taíno avec de la fumée appelée "boucan", ils ont été appelés boucaniers. Ils vendaient la viande fumée et le cuir (peau sèche utilisée pour fabriquer des chaussures et des vêtements) aux navires qui venaient sur l'île.
Les Espagnols ont essayé de faire sortir ces gens de l'île et ils ont envahi l'île à plusieurs reprises mais à chaque fois ils sont retournés à l'Hispaniola et l'île de la Tortue a été reprise. En 1640, un ingénieur français du nom de Jean La Vasseur a été envoyé pour gouverner Tortuga. Il a construit le Fort de Rocher [1640]. La Vasseur a ouvert le port aux hors-la-loi de toutes les nations.
De l'île de la Tortue, les gens ont commencé à se déplacer vers la partie nord de l'Hispaniola, principalement dans les zones autour des grandes plaines, en fondant des villes comme Port-de-Paix (1665), Cap-Français (1670) et Fort-Dauphin (1731). L'île de la Tortue a ensuite perdu de son importance et très peu de gens y ont vécu après ces années, y compris aujourd'hui.